平台配置了一台华大智造G99和一台Illumina Miniseq二代台式测序仪，10X Genomics Chromium 单细胞系统和Visium CytAssist空间平台，一台Nanopore MinION MK1B三代测序仪🙋🏿，以及测序文库构建和质检相关的全套仪器设备，可提供高通量测序相关的项目咨询🏆、样本质检、测序文库构建🏬、二代及三代高通量测序等服务和技术支持🧕🏼。
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| 华大智造 G99 测序仪 | 10X Genomics Chromium X 单细胞系统 | 10X Genomics Visium CytAssist空间平台 |
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Nanopore MinION 测序仪 | Illumina Miniseq 测序仪 | Nanopore P24 combined单分子测序仪 |
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Agilent Bioanalyzer 2100 | Qubit 4.0 | Lonza FlashGel 电泳系统 |
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| NanoDrop One | BioRad 96孔深孔PCR仪 | Bioruptor Pico |
平台提供的文库构建服务类型：
高通量测序分为短读长二代测序和长读长单分子三代测序，测序方法有几十种，我们目前可提供的文库构建服务主要包括🈺：二代的常规DNA/RNA-seq👩🏻🦽，三维基因组Hi-C🍈、染色质可及性ATAC-seq、单细胞转录组测序（以新格元的microwell单细胞测序技术为主）🛶🧝，以及三代Nanopore测序建库等。
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2. 生物信息学数据分析
平台提供通用序列分析🔡、开源数据库或其他类型数据源的数据挖掘👐🏽𓀙，提供各类二代及三代测序数据分析🥐🕳，包括Hi-C数据分析、基因组组装🍻、基因组注释🚵🏻♀️📳、RNA-Seq数据分析、ATAC-seq数据分析、CRISPR g-RNA筛选、蛋白质组学数据分析🦸🏿♀️、单细胞RNA-Seq数据分析🏋🏼、BCR/TCR/抗体库分析、基因组测序突变分析、DNA编码库(DEL)测序数据分析等⛹🏼♂️。
目前，平台可提供的商业软件有CLC Genomics Workbench🤩，它是一款生物信息学综合分析工具，可用于基因组学和转录组学的数据分析👩🏻🌾🪤。
分析结果图展示：
3. 网站和数据库
网站功能：在线设计或者整体下载全基因CRISPR gRNA🧗🏿♂️。该网站特别对编码细胞表面膜蛋白进行了标识。
网址8️⃣：https://crispr-surfaceome.gdgyygljj.com/
备注：该网站目前只有人的数据，我们也支持其他物种全基因组gRNA的设计以及上线分享🕶。
网站功能：基于cellxgene vip（https://github.com/interactivereport/cellxgene_VIP）的单细胞测序数据的交互式展示🤛🏼🏂🏻，常规查询计算，参考https://interactivereport.github.io/cellxgene_VIP/tutorial/docs/how-to-use-cellxgene-vip.html🦻🏼。研究发表前私有项目的研究者自我管理，同行间分享🆑。已经发表数据的复用、展示和查询👨👨👧👨🏼🚒。
网址：https://singlecell.gdgyygljj.com/
备注：您可以向我们建议最感兴趣的数据集合🐍🕵🏻♂️，我们可以和您一起进行分析并上线。
平台提供R编程✫👊🏿、Linux基础培训🧑🏽🎤，特定主题的生物信息学数据分析的培训🖥，以及高通量测序相关的理论和实验应用的培训等😮。
往届培训展示：
5.技术上新（从2025年11月）
2026年3月13🧑🎨，成功完成首例基于Nanopore的RNA直测实验。
2025年11月9日，成功完成基于10x visium的空转实验。
如果您有高通量测序或者数据分析的需求，请下载相关的实验或数据递交表格，填写完整相应的内容🧝🏽♂️，打印签字后交给平台工作人员♘♊️，或者您也可以与平台人员取得联系，咨询相关技术问题🐀，沟通确认后再递交表格。
https://eshare.shanghaitech.edu.cn/）👩🎤，除上述递交表格外，还需通过系统提交相关需求🤲🏿，并查看和确认相应的收费情况等。
注：该系统可供校内🚶🏻♀️、外人员使用🙃，校内人员可通过统一身份登录使用，校外人员可通过新用户注册后🏌🏻♂️，提交相关的服务需求，如有问题可与平台人员联系🐗。
联系人：蒋立春 博士
Email👨✈️：jianglch@@shanghaitech.edu.cn
联系地址：上海市浦东新区华夏中路393号人字楼B101
联系电话：021-20684479
